Фізіологія рослин і генетика 2022, том 54, № 5, 404-418, doi: https://doi.org/10.15407/frg2022.05.404

Фрагментацiя ДНК та активнiсть ендонуклеаз за дiї гербiцидiв iнгiбiторiв ацетолактатсинтази та ацетил-КоА-карбоксилази

Радченко М.П.1, Гур'янов Д.С.2, Мордерер Є.Ю.1

  1. Iнститут фізіології рослин і генетики Національної академії наук України 03022 Київ, вул. Васильківська, 31/17
  2. Iнститут молекулярної біології і генетики Національної академії наук України 03143 Київ, вул. Академіка Заболотного, 150

Метою дослідження була перевірка гіпотези про те, що патогенез, індукований у чутливих рослин гербіцидами інгібіторами ацетолактатсинтази (АЛС) та ацетил-КоА-карбоксилази (АКК), є активним процесом, який включає програмовану загибель клітин (ПЗК). Надійним маркером ПЗК є фрагментація ДНК, яка здійснюється ендогенними нуклеазами. Кореневі меристеми чутливих до гербіцидів рослин були проаналізовані за допомогою аналізу TUNEL для оцінки фрагментації ДНК. Показано, що найвищий рівень фрагментації ДНК у клітинах кореневої меристеми при патогенезі, індукованому в проростках кукурудзи гербіцидом інгібітором АКК пропаквізафопом, та в проростках гороху гербіци­дом інгібітором АЛС трибенуронметилом, пов’язаний з підвищенням загальної нуклеазної активності в лізатах клітин порівняно з відповідним контролем. У відповідь на застосування трибенуронметилу рівень загальної нуклеазної активності підвищувався внаслідок високої активності як Zn2+-залежних («кислих»), так і Ca2+/Mg2+-залежних («лужних») нуклеаз, тоді як у випадку пропаквізафопу підвищена активність виявлена лише для Zn2+-залежних нуклеаз. Ці відмінності можуть бути зумовлені різними механізмами ініціації ПЗК залежно від механізмів дії гербіцидів. Той факт, що за дії гербіцидів інгібіторів АЛС та АКК у клітинах меристем коренів проростків чутливих до цих гербіцидів видів рослин відбувається фрагментація ДНК, яка фіксується методом TUNEL, і ця фрагментація пов’язана з підвищеною активністю ендогенних нуклеаз, є доказом участі ПЗК в індукованому патогенезі. Значення цього твердження полягає у наголошенні, що індукований гербіцидами патогенез є складним, багатоетапним, активним процесом. Розкриття природи механізмів окремих стадій патогенезу відкриває нові можливості для регулювання вибірної фітотоксичності гербіцидів за допомогою фізіологічно активних речовин і генно-інженерних маніпуляцій.

Ключові слова: фрагментація ДНК, ендонуклеази, гербіциди, програмована загибель клітин, пропаквізафоп, трибенуронметил

Фізіологія рослин і генетика
2022, том 54, № 5, 404-418

Повний текст та додаткові матеріали

У вільному доступі: PDF  

Цитована література

1. Sychuk, A.M., Radchenko, M.P. & Morderer, Ye.Yu. (2013). Programmed cell death in pathogenesis induced by ACC-inhibiting herbicides. Biological Studies Studia Biologica, 7, pp. 101-106 [in Ukrainian]. https://doi.org/10.30970/sbi.0702.294

2. Morderer, Ye.Yu., Radchenko, M.P. & Sychuk, A.M. (2013). Programmed cell death in the pathogenesis, induced by herbicides in plants. Fiziol. rast. genet., 45, No. 6, pp. 517-526 [in Ukrainian].

3. Chen, S. & Dickman, M. (2004). Bcl-2 family members localize to tobacco chloropla­sts and inhibit programmed cell death induced by chloroplast-targeted herbicides. J. Exp. Bot., 55, pp. 2617-2623. https://doi.org/10.1093/jxb/erh275

4. Chichkova, N.V., Shaw, J., Galiullina, R.A., Drury, G.E., Tuzhikov, A.I., Kim, S.H., Kalkum, M., Hong, T.B., Gorshkova, E.N., Torrance, L., Vartapetian, A.B. & Taliansky, M. (2010). Phytaspase, a relocalisable cell death promoting plant protease with caspase specificity. EMBO J., 29, pp. 1149-1161. https://doi.org/10.1038/emboj.2010.1

5. de Freitas, D., Coelho, M. & Souza, M. (2007). Introduction of anti-apoptotic baculovirus p35 gene in passion fruit induces herbicide tolerance, reduced bacterial lesions, but does not inhibit passion fruit woodiness disease progress induced by cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV). Biotechnol. Lett., 29, pp. 79-87. https://doi.org/10.1007/s10529-006-9201-9

6. Caverzan, A., Piasecki, C. & Chavarria, G. (2019). Defenses against ROS in crops and weeds: the effects of interference and herbicides. Int. J. Mol. Sci., 20, p. 1086. https://doi.org/10.3390/ijms20051086

7. Das, M., Reichman, J.R. & Haberer, G. (2010). A composite transcriptional signature differentiates responses towards closely related herbicides in Arabidopsis thaliana and Brassica napus. Plant Mol. Biol., 72, pp. 545-556. https://doi.org/10.1007/s11103-009-9590-y

8. Ozheredow, S.P., Emec, A.I., Litvin, D.I., Britsun, V.N., Shvartau, V.V., Lozinskii, M.O. & Blium, I.B. (2010). Antimitotic activity of new 2,6-dinitroaniline derivatives and their synergistic activity in compositions with graminicides. Tsitol. Genet., 44, No. 5, pp. 54-59 [in Russian]. https://doi.org/10.3103/S0095452710050087

9. Sychuk, A.M. (2015). The participation of programmed cell death in herbicide-induced pathogenesis (Unpublished candidate thesis). Institute of Plant Physiology and Genetics NAS of Ukraine, Kyiv, Ukraine [in Ukrainian].

10. Kacprzyk, J., Gunawardena, A.H.L.A.N., Bouteau, F. & McCabe, P.F. (2021). Editorial: plant programmed cell death revisited. Front. Plant. Sci., 255, No. 3, pp.785-802. https://doi.org/10.3389/fpls.2021.672465

11. Reape, T.J., Molony, E.M. & McCabe, P.F. (2008). Programmed cell death in plants: distinguishing between different modes. J. Exp. Bot., 59, No. 3, pp. 435-444. https://doi.org/10.1093/jxb/erm258

12. Gordeziani, M., Adamia, G., Khatisashvili, G. & Gigolashvili, G. (2017). Programmed cell self-liquidation (apoptosis). Ann. Agr. Sci., 15, pp. 148-154. https://doi.org/10.1016/j.aasci.2016.11.001

13. Mondal, R., Antony, S., Roy, S. & Chattopadhyay, S.K. (2021). Programmed cell death (PCD) in Plant: Molecular mechanism, regulation, and cellular dysfunction in response to development and stress. Regulation and Dysfunction of Apoptosis. London: IntechOpen. Available from: https://www.intechopen.com/chapters/77139 https://doi.org/10.5772/intechopen.97940

14. Sychuk, A.M. & Morderer, Ye.Yu. (2017). The influence of NADPH-oxidase inhibitor and calcium antagonists on phytotoxic action of Acetyl-CoA-carboxylase and acetolactate synthase-inhibiting herbicides. Fiziol. rast. genet., 49, No. 1, pp. 64-70. https://doi.org/10.15407/frg2017.01.064

15. Gavrieli, Y., Sherman, Y. & Ben-Sasson, S. (1992). Identification of programmed cell death in situ via specific labeling of nuclear DNA fragmentation. J. Cell Biol., 119, pp. 493-501. https://doi.org/10.1083/jcb.119.3.493

16. Tripathi, A.K., Pareek, A. & Singla-Pareek, S. (2017). TUNEL Assay to assess extent of DNA fragmentation and programmed cell death in root cells under various stress conditions. Bio. Protocol., 7, No. 16, pp. 1-10. https://doi.org/10.21769/BioProtoc.2502

17. Thelen, H.P. & Northcote, D.M. (1989). Identification and purification of a nuclease from Zinnia elegans L: A potential molecular marker for xylogenesis. Planta, 179, No. 2, pp. 181-195. https://doi.org/10.1007/BF00393688

18. Sibirtsev Y.T. & Rasskazov V.A. (2000) Effect of ionic strength on the pH optimum, specificity and mechanism of action of acid DNase from mature eggs of the sea urchin Strongylocentrotus intermedius. Biochemistry, 65, pp. 1121-1129 [in Russian].

19. Bradford, M.M. (1976). A rapid and sensitive for the quantitation of microgram quantitites of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal. Biochem., 72, pp. 248-254. https://doi.org/10.1006/abio.1976.9999

20. Ernst, O. & Zor, T. (2010). Linearization of the bradford protein assay. J. Vis. Exp., 38, p. 1918. https://doi.org/10.3791/1918

21. Sugiyama, M., Ito, J., Aoyagi, S. & Fukuda, H. (2000). Endonucleases. Plant Mol. Biol., 44, No. 3, pp. 387-397. https://doi.org/10.1023/A:1026504911786

22. Bai, M., Liang, M., Huai, B., Gao, H., Tong, P., Shen, R., He, H. & Wu, H. (2020). Ca2+-dependent nuclease is involved in DNA degradation during the formation of the secretory cavity by programmed cell death in fruit of Citrus grandis 'Tomentosa'. J. Exp. Bot., 71, No. 16, pp. 4812-4827. https://doi.org/10.1093/jxb/eraa199

23. Jones, M.L., Bai, S., Lin, Y. & Chapin, L.J. (2021). The senescence-associated endonuclease, PhENDO1 is upregulated by ethylene and phosphorus deficiency in petunia. Horticulturae, 7, p. 46. https://doi.org/10.3390/horticulturae7030046

24. Locato, V. & De Gara, L. (Eds.). (2018). Programmed cell death in plants: An Overview. Methods in Molecular Biology, 1743. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7668-3_1

25. De Pinto, M., Locato, V. & de Gara, L. (2012). Redox regulation in plant programmed cell death. Plant Cell Environ., 35, pp. 234-244. https://doi.org/10.1111/j.1365-3040.2011.02387.x

26. Radchenko, M.P., Sychuk, A.M. & Morderer, Ye.Yu. (2013). Increasing of selective phytotoxicity and prooxidant-antioxidant equilibrium under the graminicide fenoxaprop-P-ethyl use with the herbicide synergist and antagonist. Fiziol. rast. genet., 45, No. 4, pp. 306-312 [in Ukrainian]. http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/12345 6789/159324

27. Radchenko, M.P., Sychuk, A.M. & Morderer, Ye.Yu. (2013). Reducing antagonism in mixtures of herbicides by a specific inhibitor of superoxide dismutase activity. Scientific notes of the Taurida VI Vernadsky National University. Series: Biology, Chemistry, 26, No. 65, pp. 161-168 [in Ukrainian]. http://sn-biolchem.cfuv.ru/wp-content/uploads/ 2016/11/016_radc.pdf

28. Radchenko, M.P., Sychuk, A.M. & Morderer, Ye.Yu. (2014). Decrease of the herbicide fenoxaprop phytotoxicity in drought conditions: the role of the antioxidant enzymatic system. J. Plant Prot. Research., 54, No. 4, pp. 390-394. https://doi.org/10.2478/jppr-2014-0058

29. Aleksandrushkina, N.I., Seredina, A.V. & Vanyushin, B.F. (2009). Endonuclease activities in the coleoptile and the first leaf of developing etiolated wheat seedlings. Russ. J. Plant Physiol., 56, pp. 154-163. https://doi.org/10.1134/S1021443709020022

30. Radchenko, M.P., Sychuk, A.M. & Morderer, Ye.Yu. (2016). The activity of NADPH oxidase in corn seedlings root meristems under the herbicide acetyl-CoA-carboxylase inhibitor action. Fiziol. rast. genet., 48, No. 6, pp. 544-547 [in Ukrainian]. https://doi.org/10.15407/frg2016.06.544

31. Kraehmer, H., Laber, B., Rosinger, C. & Shulz, A.(2014). Herbicides as weed control agents: state of the art: I. Weed control research and safener technology: the path to modern agriculture. Plant Physiol., 166, pp. 1119-1131. https://doi.org/10.1104/pp.114.241901

32. Sanchez-Pons, N. & Vicient, C.M. (2013). Identification of a type I Ca2+/Mg2+-dependent endonuclease induced in maize cells exposed to camptothecin. BMC Plant Biol., 13, p. 186. https://doi.org/10.1186/1471-2229-13-186

33. Islam, F., Xie, Y. & Farooq, M.A. (2016). Salinity reduces 2,4-D efficacy in Echinochloa crusgalli by affecting redox balance, nutrient acquisition and hormonal regulation. Protoplasma, 255, pp. 785-802. https://doi.org/10.1007/s00709-017-1159-z

34. Radchenko, M., Ponomareva, I., Pozynych, I. & Morderer, Ye. (2021). Stress and use of herbicides in field crops. Agricult. Sci. Pract., 8, No. 3, pp. 50-70. https://doi.org/10.15407/agrisp8.03.050

35. Morderer, Ye.Yu., Nizkov, Y.I., Radchenko, M.P., Rodzevich, O.P. & Sychuk, A.M. (2014). Weed control in crops by herbicides using. Kyiv: Logos [in Ukrainian].

36. Langaro, A.C., Agostinetto, D. & Ruchel, Q. (2017). Oxidative stress caused by the use of preemergent herbicides in rice crops. Revista Ciencia Agronomica, 48, pp. 358-364. https://doi.org/10.5935/1806-6690.20170041

37. Wang, J., Lv, M., Islam, F., Gill, R.A, Yang, C., Ali, B. & Zhou W. (2016). Salicylic acid mediates antioxidant defense system an Yan G., Zhoud ABA pathway related gene expression in Oryza sativa against quinclorac toxicity. Ecotoxicol Environ. Saf., 133, pp. 146-156. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2016.07.002

38. Serrano, I., Romero-Puertas, M.C., Sandalio, L.M. & Olmedilla, A. (2015). The role of reactive oxygen species and nitric oxide in programmed cell death associated with self-incompatibility. J. Exp. Bot., 66, No. 10, pp. 2869-2876. https://doi.org/10.1093/jxb/erv083

39. Sychuk, A.M., Radchenko, M.P. & Morderer, Ye.Yu. (2013). The increase of phytotoxic action of graminicide fenoxaprop-P-ethyl by NO donor sodium nitroprusside. Science and Education a New Dimension: Natural and Technical Sciences, 2, No. 15, pp 21-22.

40. Maroli, A.S., Nandula, V.K., Dayan, F.E., Duke, S.O., Gerard, P. & Tharayil, N. (2015). Metabolic profiling and enzyme analyses indicate a potential role of antioxidant systems in complementing glyphosate resistance in an amaranthus palmeri Biotype. J. Agric. Food Chem., 63, No. 41, pp. 9199-9209. https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5b04223

41. Harre, N.T., Nie, H., Jiang, Y. & Young, B.G. (2018). Differential antioxidant enzyme activity in rapid-response glyphosate-resistant Ambrosia trifida. Pest. Manag. Sci., 74, No. 9, pp. 2125-2132. https://doi.org/10.1002/ps.4909

42. Piasecki, C., Yang, Y., Benemann, D.P., Kremer, F.S., Galli, V., Millwood, R.J., Cechin, J., Agostinetto, D., Maia, L.C., Vargas, L.C. & Stewart, N.Jr. (2019). Transcriptomic analysis identifies new non-target site glyphosate-resistance genes in Conyza bonariensis. Plants, 8, No. 6, 157. https://doi.org/10.3390/plants8060157

43. Benedetti, L., Rangani, G., Viana, V.E. , Carvalho-Moore, P., Merotto, A.Jr., Camargo, E.R., de Avila, L.A. & Roma-Burgos, N. (2020). Rapid reduction of herbicide susceptibility in junglerice by recurrent selection with sublethal dose of herbicides and heat stress. Agronomy, 10, p. 1761. https://doi.org/10.3390/agronomy10111761

44. Fipke, M.V. Feijo, R., Garcia, N.S., Heck, T., Viana, V.E., Dayan, F.E., Agostinetto, D., Lamego, P.F., Souza, G.M. & Camargo, E.R. (2022). Transgenerational effect of drought stress and sub-lethal doses of quizalofop-p-ethyl: decreasing sensitivity to herbicide and biochemical adjustment in eragrostis plana. Agriculture, 12, p. 396. https://doi.org/10.3390/agriculture12030396

45. Mohammad, V.H., Osborne, C.P. & Freckleton, R.P. (2022). Drought exposure leads to rapid acquisition and inheritance of herbicide resistance in the weed Alopecurus myosuroides. Ecology and Evolution, 12, No. 2. https://doi.org/10.1002/ece3.8563

46. Vanderauwera, S., Suzuki, N., Miller, G., van de Cotte, B., Morsa, S., Ravanat, J.L., Hegie, A., Triantaphylides, C., Shulaev, V., Van Montagu, M.C., Van Breusegem, F. & Mittler, R. (2011). Extranuclear protection of chromosomal DNA from oxidative stress. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 108, No. 4, pp. 1711-1716. https://doi.org/10.1073/pnas.1018359108